В 1975 году успешно закончил лечебный факультет Ташкентского Государственного Медицинского Института. С 1975 по 1977 год проходил клиническую ординатуру в МНИИ глазных болезней им. Гельмгольца. С 1977 по 1980 год являлся аспирантом МНИИ им. Гельмгольца, где успешно защитил кандидатскую диссертацию. С 1983 по 1991 год заведовал кафедрой офтальмологии Андижанского медицинского института. С 1991 по 2005 годы заведовал кафедрой офтальмологии Ташкентского Государственного Медицинского Института  №1. С 1991 по 2002 годы являлся Главным офтальмологом Министерства Здравоохранения РУз. С 2000 года является руководителем Центра лазерной микрохирургии глаза "Shifo-Nur Ko'z". Под его руководством впервые в Республике были введены такие передовые технологии, как факоэмульсификация катаракты и лазерная коррекция близорукости и астигматизма. Худайбердиев Алишер Рахимович подготовил 9 кандидатов наук,  опубликовал более 90 научных работ, 3 монографии. Участвовал на конгрессах, симпозиумах, конференциях: Германия, Италия, Франция, Южн. Корея, Финляндия, Греция, Чехия, Словакия, Турция, Англия, Россия и др.